论文查重软件在学术评价体系中的创新主要体现在技术手段和应用模式上。首先，现代论文查重软件通过自主研发或引进先进技术，能够实现对文本的全面检测和比对，大大提高了查重的准确性和效率。其次，一些创新型的论文查重软件还结合了人工智能和大数据分析技术，能够从更深层次进行文本分析，发现和评估文本的创新性和突破性。此外，一些软件还提供了多维度的评价和反馈，帮助作者更好地改进论文质量，对学术评价体系起到积极的推动作用。

在学术评价体系中，论文查重软件的创新和突破也带来了一些挑战和争议。一方面，一些人担心论文查重软件的普及会导致学术界的创新能力下降，甚至出现“机器写作”现象，影响学术研究的原创性和深度。另一方面，由于论文查重软件的技术限制和算法局限，仍然存在一定的漏检和误判现象，对于一些创新性较强或跨学科研究的论文，查重软件的评估可能并不准确。因此，如何更好地平衡论文查重软件的创新与突破，以及学术评价体系的公正性和准确性，仍然是当前亟待解决的问题。