论文查重软件与学术数据库的连接方式有两种：一种是通过学术数据库提供的API接口实现，另一种是通过软件插件实现。通过API接口实现，需要先申请学术数据库的开发者账号，获取API密钥，然后根据API文档编写代码实现数据的获取和传输。通过软件插件实现，需要先下载并安装论文查重软件的插件，然后在插件设置中填写学术数据库的相关信息，如数据库地址、账号、密码等。两种方式各有优劣，具体实现方式应根据实际需求和技术水平进行选择和调整。

需要注意的是，在使用API接口或插件连接学术数据库时，应遵守相关法律法规和学术道德规范，不得进行不当的数据获取和使用，以免造成不良后果。此外，应定期更新API密钥和插件版本，以保证数据的安全和稳定性。